Prirodno i kulturno-istorijsko područje Kotora obuhvata unutrašnji, u kopno najdublje usječeni, dio Bokokotorskog zaliva. Boka kotorska je zaliv na crnogorskom dijelu istočne obale Jadrana. Svojim postankom, prirodnim i morfološkim karakteristikama jedinstven je zaliv Mediterana. Razgranati zaliv, u kojem Jadransko more zalazi duboko u kopno (15 milja), formiraju visoke planinine među kojima dominiraju Orjen (1895 m) i Lovćen (1749 m).
Prirodno i kulturno-istorijsko područje Kotora obuhvata unutrašnji, jugoistočni dio Bokokotorskog zaliva, koji čine dva međusobno povezana zaliva, Kotorski i Risanski, okruženi visokim i strmim planinskim stranama. Zaštićeno područje povezano je sa preostalim dijelom zaliva preko tjesnaca Verige. Zaštićeno područje obuhvata površinu od 14.600 ha.
Granica Prirodnog i kulturno-istorijskog područja Kotora, definisana je tako da obuhvata njegove najznačajnije prirodne i kulturno-istorijske vrijednosti.
Područje svjetske baštine Kotora obuhvata Kotorsko-Risanski zaliv sa akvatorijumom, planinskim stranama koje ga omeđavaju, i gradovima i naseljima: Kotor, Dobrota, Orahovac, Perast, Risan, Strp, Lipci, Donji i Gornji Morinj, Kostanjica, Donji i Gornji Stoliv, Prčanj, Muo, Škaljari i Špiljari. U okviru zaštićenog područja se nalazi i napušteno selo Glogovac.
Takođe, Prirodnom i kulturno-istorijskom području Kotora pripada i dio zaleđa zaliva, tj. zone koje ga povezuju sa zaštićenim prirodnim cjelinama koje su u njegovoj neposrednoj blizini. U obuhvatu Područja se prema granici sa Nacionalnim parkom Lovćen nalazi selo Žanjev do, a prema granici sa Parkom prirode Orjen selo Ubli i Krivošijska sela (Poljice, dio Zvečave i Grabov do).
Zaštićena okolina (buffer zona) Prirodnog i kulturno-istorijskog područja Kotora obuhvata cijeli Bokokotorski zaliv i njegovo zaleđe.
Zaštićena okolina Područja svjetske baštine Kotora određena je polazeći od činjenice da Boka kotorska predstavlja nedjeljiv region, jedinstvenu cjelinu sa brojnim kohezionim faktorima: Bokokotorskim zalivom sa četiri povezana manja zaliva, kao geografskom odrednicom, njegovim zaleđem sličnih prirodnih karakteristika, zajedničkom istorijom, tradicijom i baštinom.
Zaštićena okolina Prirodnog i kulturno-istorijskog područja Kotora obuhvata:
- Dio akvatorijuma Bokokotorskog zaliva sa: Tivatskim zalivom, Kumborskim tjesnacem, i Hercegnovskim zalivom uključujući i ulaz u zaliv sa ostrvom Mamula i Žanjice i rtom Arza
- Poluostrvo Luštica
- Tivat i naselja duž obale Tivatskog zaliva, Tivatski arhipelag (poluostrvo Prevlaka, ostrvo Sveti Marko, ostrvo Gospa od Milosti), zapadnu stranu poluostrva Vrmac
- Herceg Novi i naselja duž obale Hercegnovskog zaliva, padine Orjena sa selima (Ratiševina, Trebesin, Kameno, Podi, Sušćepan, Sutorina, Malta, Lučići)
- Kruševice
- Zaleđe Risna: Krivošije, Ledenice, Gornji Orahovac
- Zalaze
- Padine Lovćena sa selima (Mirac, Čavori, Koložun)
- Donji i Gornji Grbalj